Le Ministère des Transports comprend :
Le Cabinet du Ministre et les Services rattachés
Le Secrétariat Général (SG)
L’Inspection Générale des Services (IGS)
Le Secrétariat Général (SG) comprend :
Direction Générale de la Marine Marchande (DGMM)
Direction Générale des Transports Terrestres (DGTT)
Direction Générale de la Météorologie (DGM)
Direction Générale de la Sécurité Routière (DGSR)
Direction Centrale du Personnel (DCP)
Direction Centrale des Systèmes d’Information (DCSI)
Centre National des Examens du Permis de Conduire (CNEPC)
Centre National d’Edition et de Délivrance des Documents de Transport (CNEDDT)
Les Organismes sous tutelle :
Conseil Gabonais des Chargeurs (CGC)
Office des Ports et Rades du Gabon (OPRAG)
Compagnie Nationale de Navigation Intérieure et Internationale (CNNII)
Agence Nationale de l’Aviation Civile (ANAC)
Haute Autorité de Sûreté et de Facilitation de l’Aéroport Léon MBA (HASFALM)
Autorité de Régularisation des Transports Ferroviaires (ARTF)
Société Gabonaise des Transports (SOGATRA)
Agence pour la Sécurité de la Navigation Aérienne en Afrique et à Madagascar (ASECNA)
Société d’Exploitation du Transgabonais (SETRAG)